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A representação de sequências consenso usando a nomenclatura IUPAC deve ser feita com algum cuidado uma vez que pode gerar sequências sem significado biológico. Para menor entender este facto, segue-se um exemplo baseado no consenso PDRE. Este consenso foi descrito por DeRisi et al., 2000 , como podendo ser:
Tabela 1 - Sequências PDRE descritas por DeRisi et al., 2000. PDRE | Sequência | PDRE-A | TCCGCGGA | PDRE-B | TCCGTGGA | PDRE-B’ | TCCACGGA | PDRE-C | TCCGCGCA | PDRE-D | TCCGCGGG | Consenso | TCC G/a C/t G G/c A/g |
Se fosse adoptada a nomenclatura IUPAC para escrever o consenso anterior este seria representado da seguinte forma (ver Tabela IUPAC):
TCC R Y G S R
Esta sequência consenso representa 16 possíveis sequências, 11 das quais não são as descritas como sendo as reconhecidas pelo factor de transcrição Pdr1/3. É o caso, por exemplo, da sequência TCCGTGGG que não aparece na Tabela 1.
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