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A página inicial da base de dados Saccharomyces Genome Database (SGD) permite visualizar um motor de busca onde é possível efectuar uma procura de um gene, uma proteína ou até mesmo uma via metabólica. Escrevendo FLR1 em Quick search (Fig. 1), entra-se na página dedicada ao gene FLR1 onde se podem visualizar todas as informações relevantes sobre este gene (Fig. 2).
Para melhor compreensão das tarefas que a seguir se descrevem, sugere-se que as vá realizando, em paralelo, na página original da SGD, que pode aceder em: www.yeastgenome.org
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| Fig. 1- Página de face da base de dados da SGD, onde se encontra disponível toda a informação sobre os genes de S. cerevisiae, bem como outras ferramentas essenciais aos trabalhos de Genómica Funcional e Biologia Molecular com esta levedura. Em Quick Search, a introdução do nome de um gene/ORF permite aceder directamente à página deste. |
A página individual do gene encontra-se disponível em dois formatos. O primeiro, em que as informações estão escondidas dentro de várias janelas (Fig. 2A), é o obtido logo após a página apresentada na Fig. 1. O segundo formato, designado por Alternative single page format, é obtido escolhendo a opção correspondente, na página da Fig. 2A. Esta segunda janela, apresentada na Fig. 2B, reúne toda a informação disponível referente ao gene FLR1.
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| Fig. 2 - Páginas do gene FLR1/ORF YBR008c da base de dados da SGD. Em A é apresentada uma página resumo, com os dados mais relevantes do gene FLR1, mas em que é possível aceder a uma segunda página (B) denominada Single Page Format com informação mais detalhada. |
Percorrendo a página Single Page Format do gene FLR1 pode-se observar que tipo de informação é disponibilizada na SGD (ver).
Fig. 3 - Página do gene FLR1/ORF YBR008c (FLR1/ORF YBR008c Single Page Format) da base de dados da SGD. Estão descriminadas as informações e as funcionalidades das várias ferramentas disponibilizadas. Para obter mais informação sobre cada um dos assuntos basta aceder à janela de ajuda (help) no canto superior esquerdo de cada um deles.
A terminologia GO (Gene Ontology) tem com o objectivo fornecer uma linguagem comum para descrever genes ao nível funcional. O uso de vocabulário consentâneo permite que genes de diferentes espécies sejam comparados com base nas anotações GO. O projecto GO teve início em resultado da colaboração entre três bases de dados de organismos modelo, a base de dados do genoma da levedura (SGD), da mosca Drosophila (FlyBase) e do rato (Mouse Genome Informatics, MGI). Entretanto, o GO Consortium expandiu-se consideravelmente e actualmente inclui muitos outros organismos modelo.
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