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Devido à sua importância, foi um dos primeiros microrganismos a ter o seu genoma sequenciado, num esforço conjunto da Cystic Fibrosis Foundation, do University of Washington Genome Center e da PathoGenesis Corporation. Constitui o maior genoma de um procariota sequenciado à data da sua finalização, contendo um total de 5570 presumíveis genes num cromossoma de 6,3 Mbp. O genoma de P. aeruginosa encontra-se em fase de anotação e encontra-se disponível e parcialmente anotado em http://www.pseudomonas.com.
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