Luís Russo's Homepage

Aug 7, 2013
Instituto Superior Técnico, Universidade Técnica de Lisboa
Departamento de Informática
KdBio Group
INESC-ID, Rua Alves Redol, n° 9
1000-029 Lisboa
PORTUGAL
Tels: (+351) 21 31 00272
Fax: (+351) 21 31 45843

1  Academic Data

1.1  Publications

1.2  Talks

External Memory Orthogonal Range Reporting with Fast Updates, ISAAC, Yokohama, Japan, 7 Dez 2011

Space-Efficient Data-Analysis Queries on Grids, ISAAC, Yokohama, Japan, 7 Dez 2011

Multiplication Algorithms for Monge Matrices, SPIRE, Los Cabos, México, 11 Out 2010

Multiplication Algorithms for Monge Matrices, KdBio seminar, Lisboa, Portugal, 1 Out 2010

Fully-Compressed Suffix Trees, Novos Talentos em Matemática, Gulbenkian, Lisboa, 15 Jul 2010

Parallel and Distributed Compressed Indexes, CPM, New York, USA, 23 Jun 2010

Parallel and Distributed Compressed Indexes, CITI seminar, Caparica, Portugal, 12 May 2010

A Note on Sparse Anti-Monge Arrays, CITI seminar, Caparica, Portugal, 4 Nov 2009

Representing Almost All Local Longest Common Subsequence Values, CITI seminar, Caparica, Portugal, 27 May 2009

Indexed Hierarchical Approximate String Matching, SPIRE, Melbourne Australia, 11 Nov. 2008

Fully Compressed Suffix Trees, GLOSS seminar, Lisboa, Portugal, 25 Jun. 2008

Dynamic Fully Compressed Suffix Trees, CPM, Pisa, Italy, 19 Jun. 2008

Fully Compressed Suffix Trees, KDBIO seminar, Lisboa, Portugal, 8 May 2008

Fully Compressed Suffix Trees, LATIN, Búzios, Brazil, 9 April 2008

Fully Compressed Suffix Trees, CITI seminar, Caparica, Portugal, 2 April 2008

Fully Compressed Suffix Trees, 2nd Workshop on Compression, Text and Algorithms, Santiago, Chile, 1 Nov. 2007

Approximate String Matching with Lempel-Ziv Compressed Indexes, SPIRE, Santiago, Chile, 29 Oct. 2007

Enhanced Full-Text Self-Indexes based on Lempel-Ziv Compression, LASIGE seminar, Lisboa, Portugal, 25 Set. 2007

A Compressed Self-index Using a Ziv-Lempel Dictionary, SPIRE, Glasgow, Scotland, 12 Oct. 2006

Improving indexing of text using the Ziv-Lempel trie, ALGOS seminar, Lisboa, Portugal, 6 Jan. 2006

Improving indexing of text using the Ziv-Lempel trie, CLC seminar, Lisboa, Portugal, 9 Dez. 2005

Improving indexing of text using the Ziv-Lempel trie, Workshop on Compression, Text and Algorithms, Santiago, Chile, 8 Nov. 2005

Faster generation of super condensed neighborhoods using finite automata, SPIRE, Buenos Aires, Argentina, 3 Nov. 2005

An efficient algorithm for generating super condensed neighborhoods, CPM, Jeju Island, South Koreia, 20 Jun. 2005

An efficient algorithm for generating super condensed neighborhoods, ALGOS seminar, Lisboa, Portugal, 10 Fev. 2005

Algoritmos de pattern matching, Seminário Diagonal, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal, 18 Nov. 2004

Códigos detectores de erros, Novos Talentos em Matemática, Luso, Portugal, 16 Set. 2001

O Teorema de Pitágoras, Seminário Diagonal, Instituto Superior Técnico, Lisboa, Portugal, 22 Maio 2001

2  Scientific Activity

Área Algoritmos e estruturas de dados
Domínio de especialização Processamento de cadeias de caracteres
Interesses de investigação Investigo o estruturas de dados e algoritmos para optimização de procura de padrões em textos. O problema da procura exacta consiste em encontrar todas as ocorrências, se as houver, de uma sequência curta de caracteres (o padrão) P numa sequência longa de caracteres (o texto) T. Na variante de procura aproximada o padrão é alinhado com o texto com um limite de erros.
As actuais estruturas de dados para este problema combinam técnicas de compressão de dados com representações sucintas, os resultantes índices comprimidos tem obtido resultados significativos. Recentemente deram origem a uma nova familia de algoritmos de resequênciamento de genoma. As aplicações à bio-informática e bio-medicina tem impulsionada um forte crescimento deste tipo de estruturas, especialmente devido ao desafio de recursos que representam. A informação biologica, resultante da sequênciação do genoma, origina diáriamente gigabytes de dados, que tem de ser processados em tempos cada vez mais reduzidos.
Para melhorar a tecnologia actual investigo novos algoritmos, adaptados a memória secundária, e técnicas de paralelização, nomeadamente baseadas em acelaração por GPUs.
Os actuais algoritmos e estruturas de dados são bastante flexiveis, o que justifica um leque de aplicação bastante vasto. Nomeadamente o estudo de alinhamentos usa técnicas de programação dinâmica e portanto tem ramificações a problemas de optmização, em particular em estruturas Monge. Por outro lado as estruturas de indexação podem ser adaptadas a problemas de linguística, mais especificamente à tradução automática.
Interesses lectivos Estou interessado em leccionar tópicos relacionados com Algoritmia e Programação.

2.1  Affiliations & Projects

Affiliations  
Período 05/2008 - ...
Grupo Centro de Informática e Tecnologias da Informação (CITI)
Período 10/2007 - 04/2008
Grupo Large-Scale Informatics Systems Laboratory (LASIGE)
Período 07/2007 - ...
Grupo Knowledge Discovery and Bioinformatics (KDBIO)
Período 01/2004 - 06/2007
Grupo ALGorithms for Optimization and Simulation (ALGOS)
Período 05/2002 - 12/2003
Grupo Center for Logic and Computation (CLC)
Projects  
Projecto ISTRION, PTDC/EIA-EIA/114521/2009 (task leader) [ Link ]
Descrição Melhorando a Tradução Estatística via supervisão
Duração 2010 - ...
Projecto HELIX, PTDC/EEA-ELC/113999/2009 (task leader) [ Link ]
Descrição Arquitectura heterogénea com múltiplos núcleos para análise de sequências biológicas
Duração 2010 - ...
Projecto TAGS, PTDC/EIA-EIA/112283/2009 (task leader) [ Link ]
Descrição Ferramentas e algoritmos para as novas aplicações de sequenciação
Duração 2010 - ...
Projecto ARN, PTDC/EIA/67722/2006
Descrição Algoritmos para a identificação de redes de regulação genética
Duração 01/11/2007 - 01/11/2010
Projecto DBYEAST, POSC/EIA/57398/2004
Descrição Infraestruturas e algoritmos para análise e identificação de redes de regulação genética
Duração 01/01/2005 - 31/12/2007
Projecto BIOGRID, POSI/SRI/4778/2002
Descrição Algoritmos Paralelos para Anotação de Genes
Duração 01/02/2004 - 30/06/2007
Projecto RIBIDI, CYTED VII.19
Descrição Projecto de cooperação iberoamericana para o desenvolvimento de tecnologia de recuperação de informação e de bibliotecas digitais.
Duração 09/2001 - 12/2005

2.2  Software

3  Teaching

Ocupação ou cargo Professor Auxiliar
Período 08/2010 - ...
Actividades (07/2010 - 02/2011) Introdução aos Algoritmos e Estruturas de Dados [ link ]
(02/2011 - 07/2011) Introdução aos Algoritmos e Estruturas de Dados [ link ]
(07/2011 - 02/2012) Algoritmos para Biologia Computacional [ link ]
(07/2011 - 02/2012) Algoritmos em Estruturas Discretas [ link ]
(02/2012 - 07/2012) Introdução aos Algoritmos e Estruturas de Dados [ link ]
(07/2012 - 02/2013) Algoritmos para Biologia Computacional [ link ]
(07/2012 - 02/2013) Algoritmos em Estruturas Discretas [ link ]
(02/2013 - 07/2013) Análise e Síntese de Algoritmos [ link ]
(07/2013 - 02/2014) Introdução aos Algoritmos e Estruturas de Dados [ link ]
(07/2013 - 02/2014) Algoritmos em Estruturas Discretas [ link ]
(02/2014 - 07/2014) Análise e Síntese de Algoritmos [ link ]
Instituição Instituto Superior Técnico, Universidade de Lisboa
Ocupação ou cargo Professor Auxiliar
Período 02/2008 - 07/2010
Actividades (02/2008 - 07/2008) Cadeira de Programação Orientada pelos Objectos
(07/2008 - 02/2009) Cadeira de Algoritmos e estruturas de dados
(07/2008 - 02/2009) Cadeira de Algoritmos e estruturas de dados para recuperação de Informação
(02/2009 - 07/2009) Cadeira de Programação Orientada pelos Objectos
(07/2009 - 02/2010) Cadeira de Algoritmos e estruturas de dados
(07/2009 - 02/2010) Cadeira de Algoritmos e estruturas de dados para recuperação de Informação
(02/2010 - 07/2010) Cadeira de Algoritmos e estruturas de dados
(02/2010 - 07/2010) Lógica Computacional
Instituição Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa
Ocupação ou cargo Monitor
Período 09/2001 - 07/2003
Actividades (02/2003 - 07/2003) Cadeira de Programação em Lógica da LCI.
(02/2003 - 07/2003) Cadeira de Lógica Matemática da LMAC.
(09/2002 - 02/2003) Cadeira de Lógica Computacional da LEIC.
(02/2002 - 07/2002) Cadeira de Teoria da Computação da LEIC.
(09/2001 - 02/2002) Cadeira de Lógica Computacional da LEIC.
Instituição Instituto Superior Técnico, Universidade Técnica de Lisboa



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On 7 Aug 2013, 13:16.