| Área | Algoritmos e estruturas de dados |
| Domínio de especialização | Processamento de cadeias de caracteres |
| Interesses de investigação | Investigo o estruturas de dados e algoritmos para optimização de
procura de padrões em textos. O problema da
procura exacta consiste em encontrar todas as ocorrências, se as
houver, de uma sequência curta de caracteres (o padrão) P numa
sequência longa de caracteres (o texto) T. Na variante de
procura aproximada o padrão é alinhado com o texto com um limite
de erros.
As actuais estruturas de dados para este problema combinam
técnicas de compressão de dados com representações sucintas, os
resultantes índices comprimidos tem obtido resultados
significativos. Recentemente deram origem a uma nova familia de
algoritmos de resequênciamento de genoma. As aplicações à
bio-informática e bio-medicina tem impulsionada um forte
crescimento deste tipo de estruturas, especialmente devido ao
desafio de recursos que representam. A informação biologica,
resultante da sequênciação do genoma, origina diáriamente gigabytes
de dados, que tem de ser processados em tempos cada vez mais
reduzidos.
Para melhorar a tecnologia actual investigo novos algoritmos,
adaptados a memória secundária, e técnicas de paralelização,
nomeadamente baseadas em acelaração por GPUs.
Os actuais algoritmos e estruturas de dados são bastante
flexiveis, o que justifica um leque de aplicação bastante
vasto. Nomeadamente o estudo de alinhamentos usa técnicas de
programação dinâmica e portanto tem ramificações a problemas de
optmização, em particular em estruturas Monge. Por outro lado as
estruturas de indexação podem ser adaptadas a problemas de
linguística, mais especificamente à tradução automática.
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| Interesses lectivos | Estou interessado em leccionar tópicos
relacionados com Algoritmia e Programação.
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| Projecto | ISTRION, PTDC/EIA-EIA/114521/2009 (task leader)
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| Descrição | Melhorando a Tradução Estatística via supervisão |
| Duração | 2010 - ... |
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| Projecto | HELIX, PTDC/EEA-ELC/113999/2009 (task leader)
[ Link ]
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| Descrição | Arquitectura heterogénea com múltiplos núcleos para análise de sequências biológicas |
| Duração | 2010 - ... |
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| Projecto | TAGS, PTDC/EIA-EIA/112283/2009 (task leader)
[ Link ]
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| Descrição | Ferramentas e algoritmos para as novas aplicações de sequenciação |
| Duração | 2010 - ... |
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| Projecto | ARN, PTDC/EIA/67722/2006 |
| Descrição | Algoritmos para a identificação de redes de regulação genética |
| Duração | 01/11/2007 - 01/11/2010 |
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| Projecto | DBYEAST, POSC/EIA/57398/2004 |
| Descrição | Infraestruturas e algoritmos para análise e
identificação de redes de regulação genética |
| Duração | 01/01/2005 - 31/12/2007 |
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| Projecto | BIOGRID, POSI/SRI/4778/2002 |
| Descrição | Algoritmos Paralelos para Anotação de Genes |
| Duração | 01/02/2004 - 30/06/2007 |
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| Projecto | RIBIDI, CYTED VII.19 |
| Descrição | Projecto de cooperação iberoamericana para o
desenvolvimento de tecnologia de recuperação de informação e de
bibliotecas digitais. |
| Duração | 09/2001 - 12/2005 |
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| Ocupação ou cargo | Professor Auxiliar |
| Período | 08/2010 - ... |
| Actividades | (07/2010 - 02/2011) Introdução aos Algoritmos e Estruturas de Dados
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| (02/2011 - 07/2011) Introdução aos Algoritmos e Estruturas de Dados
[ link ]
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| (07/2011 - 02/2012) Algoritmos para Biologia Computacional
[ link ]
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| (07/2011 - 02/2012) Algoritmos em Estruturas Discretas
[ link ]
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| (02/2012 - 07/2012) Introdução aos Algoritmos e Estruturas de Dados
[ link ]
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| (07/2012 - 02/2013) Algoritmos para Biologia Computacional
[ link ]
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| (07/2012 - 02/2013) Algoritmos em Estruturas Discretas
[ link ]
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| (02/2013 - 07/2013) Análise e Síntese de Algoritmos
[ link ]
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| (07/2013 - 02/2014) Introdução aos Algoritmos e Estruturas de Dados
[ link ]
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| (07/2013 - 02/2014) Algoritmos em Estruturas Discretas
[ link ]
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| (02/2014 - 07/2014) Análise e Síntese de Algoritmos
[ link ]
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| Instituição | Instituto Superior Técnico, Universidade de
Lisboa |
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| Ocupação ou cargo | Professor Auxiliar |
| Período | 02/2008 - 07/2010 |
| Actividades | (02/2008 - 07/2008) Cadeira de Programação Orientada
pelos Objectos |
| (07/2008 - 02/2009) Cadeira de Algoritmos e
estruturas de dados |
| (07/2008 - 02/2009) Cadeira de Algoritmos e estruturas de dados
para recuperação de Informação |
| (02/2009 - 07/2009) Cadeira de Programação Orientada
pelos Objectos |
| (07/2009 - 02/2010) Cadeira de Algoritmos e
estruturas de dados |
| (07/2009 - 02/2010) Cadeira de Algoritmos e estruturas de dados
para recuperação de Informação |
| (02/2010 - 07/2010) Cadeira de Algoritmos e
estruturas de dados |
| (02/2010 - 07/2010) Lógica Computacional |
| Instituição | Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de
Lisboa |
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| Ocupação ou cargo | Monitor |
| Período | 09/2001 - 07/2003 |
| Actividades | (02/2003 - 07/2003) Cadeira de Programação em
Lógica da LCI. |
| (02/2003 - 07/2003) Cadeira de Lógica Matemática da LMAC. |
| (09/2002 - 02/2003) Cadeira de Lógica Computacional da LEIC. |
| (02/2002 - 07/2002) Cadeira de Teoria da Computação da LEIC. |
| (09/2001 - 02/2002) Cadeira de Lógica Computacional da LEIC. |
| Instituição | Instituto Superior Técnico, Universidade Técnica de
Lisboa |
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